La Subgerencia de Protección Fronteriza del ICA apoya la formulación, preparación y desarrollo de políticas, planes, programas y proyectos relacionados con los servicios que se prestan en puertos, aeropuertos y pasos de frontera. Además, facilita el comercio internacional de productos agropecuarios mediante la certificación sanitaria y fitosanitaria, la emisión de conceptos técnicos y el control de importaciones y exportaciones de animales, vegetales y productos de origen animal y vegetal.

Los Puertos, Aeropuertos y Pasos de Frontera - PAPF son puntos autorizados para el ingreso y salida de mercancías agropecuarias, animales, vegetales, productos de origen animal y vegetal, y otros artículos reglamentados. En estos puntos el ICA realiza actividades de inspección, vigilancia, control y certificación sanitaria o fitosanitaria, según corresponda.

Según el tipo de trámite y mercancía, el ICA puede expedir documentos como el Certificado Zoosanitario para Exportación - CZE, el Documento Zoosanitario para Importación - DZI, el Certificado Fitosanitario para Exportación, el Documento de Requisitos Fitosanitarios para Importación - DRFI, el Certificado de Inspección Sanitaria - CIS y otros documentos asociados a los procesos de inspección, certificación e ingreso o salida de mercancías agropecuarias.