La estructura organizacional del Instituto Colombiano Agropecuario está debidamente organizada, de forma tal que le permite ejercer sus funciones en todos los ámbitos correspondientes a su misión en todo el territorio nacional.
Esta estructura se encuentra conformada por un Consejo Directivo, el cual preside el Ministro de Agricultura y Desarrolllo Rural, seguido del director del Departamento Nacional de Planeación, un representante del Consejo del Programa Nacional de Ciencia y Tecnología Agropecuaria, un representante de la Presidencia de la República, el presidente de la Sociedad de Agricultores de Colombia, el presidente de la Federación Colombiana de Ganaderos y un representante de la Asociación Nacional de Usuarios Campesinos.
En orden jerárquico le sigue la Gerencia General, de la cual dependen seis Subgerencias, que desarrollan la actividad misional de la entidad. Estas son: Subgerencia de Protección Animal, Subgerencia de Protección Vegetal, Subgerencia de Protección Fronteriza, Subgerencia de Análisis y Diagnóstico, Subgerencia de Regulación Sanitaria y Fitosanitaria, y Subgerencia Administrativa y Financiera.
De la misma forma, la Gerencia cuenta con tres Oficinas Asesoras para temas Jurídicos, de Planeación y de Comunicaciones. Así mismo, una oficina de Tecnologías de la Información y una Oficina de Control Interno.
El Instituto tiene presencia nacional mediante 32 seccionales, oficinas locales y una red de laboratorios de Diagnóstico Veterinario, Agrícolas, un sistema de Laboratorios de Referencia y un Laboratorio de Bioseguridad Nivel 3A.
Para garantizar el estatus sanitario nacional, el ICA a través de su sistema de prevención de riesgos, presta sus servicios en 30 puestos de control distribuidos en aeropuertos internacionales, puertos marítimos y fluviales, pasos fronterizos y estaciones de cuarentena, así:
11 Aeropuertos.
8 Puertos Marítimos.
2 Puertos Fluviales.
6 Pasos fronterizos.
3 Estaciones cuarentenarias.
A través de los cuales se realiza el control de las importaciones y exportaciones de productos agropecuarios.