A nivel fitosanitario, el cultivo de café enfrenta diferentes retos que afectan la productividad, entre ellos:
  • Broca del café (Hypothenemus hampei): ataca las cerezas. Su ataque está favorecido por condiciones secas como el fenómeno de El Niño. Puede alcanzar hasta 82% de daño en zonas cercanas a los 1.218 m. alt. De acuerdo con CENICAFE, en el tercer trimestre de 2025, 78% de los cultivos en Antioquia, Caldas, Risaralda y Valle presentaron infestaciones entre 1.6% y 2.5%; Casanare, Cesar, Cundinamarca y Tolima reportaron 1.6%.
  • Gotera (Mycena citricolor): afecta ramas productivas y puede causar la muerte de los arbustos. Se espera incidencia en Boyacá, Caquetá, Cundinamarca y Meta, asociada al aumento de precipitaciones.
  • Mal rosado (Corticium salmonicolor): provoca defoliación y afecta ramas y cerezas. Se prevé presencia en los mismos departamentos que Gotera. 
  • Insecto escama asociadaos a la raíz (Hemiptera: Coccomorpha): se alimentan de la savia en raíces. En Colombia, hay 61 especies de insectos escama registradas en raíces del café. Las más destacadas por su amplia distribución y daños son Puto barberi, Geococcus coffeae, Dysmicoccus texensis, Rhizoecus colombiensis y Pseudococcus elisae (Caballero et al., 2019).
La gestión del riesgo se ha enfocado en el seguimiento a la Resolución ICA 0321 de 1999 “Por la cual se establecen disposiciones de carácter fitosanitario para la renovación o eliminación de cafetales que presentan infestaciones de la broca del café (Hypothenemus hampei Ferr.) y se dictan otras medidas”. Se han priorizado 11 departamentos para la gestión del riesgo en esta plaga: