El ICA estableció en el Chocó un área exclusiva de pesca artesanal delimitada provisionalmente en 2.5 millas náuticas contadas a partir de la más baja marea, desde Punta Solano hasta Punta Ardita, en el norte del Chocó, en donde se permite únicamente la utilización de las artes de pesca tradicionales como palangres, líneas de manos y espineles.
El ICA ha implementado un programa de monitoreo pesquero, y en conjunto con la Fundación Esqualus ha realizado un estudio técnico que permitirá evaluar el impacto de la medida y con base en estos resultados definir el tiempo por el cual se mantendrá vigente el área exclusiva para la pesca artesanal y sus condiciones.
Existen cuatro principales especies que se producen en el departamento, tales como el dentón, bocachico, quícharo y bagre.
El Chocó cuenta con 52 comunidades de pescadores artesanales, de las cuales 2.507 pescadores han sido carnetizados y 3.403 censados por el ICA.
Las especies acuícolas producidas en el Chocó son tilapia, cachama, trucha, bocachico cultivo, bocachico captura.