La fiebre aftosa ingresó a Colombia en 1950 cuando animales infectados ingresaron al departamento de Arauca procedentes de Venezuela. A partir de este año, los serotipos A, O y C del virus -los mismos observados en Sudamérica- han estado presentes. El serotipo A se diagnosticó por primera vez en 1.951 en el Valle del Cauca y fue endémico durante décadas y el serotipo C se presentó en dos ocasiones en Leticia, departamento del Amazonas, (a finales de los años sesenta y principios de los setenta), con el ingreso de animales procedentes del Brasil.
Los serotipos A y O se difundieron por todo el país como consecuencia de la movilización de animales haciéndose endémicos y su dinámica ha sido directamente influenciada por los diferentes sistemas de producción bovina predominantes en algunas regiones. El serotipo C del virus fue erradicado mediante sacrificio sanitario y vacunación. Desde entonces, no ha vuelto a registrarse en ningún lugar del país.
Los siguientes son eventos de importancia histórica tanto para la enfermedad como para su control y erradicación: