La sede principal de la Seccional Cundinamarca se encuentra ubicada en el Centro Nacional de Investigación Agropecuaria, Tibaitatá, kilómetro 14, vía a Mosquera.
Cuenta con 14 Oficinas Locales en los municipios de Cáqueza, Chía, Chocontá, Facatativá, Fusagasugá, Girardot, Gachetá, La Mesa, Pacho, Soacha, Tabio, Ubaté, Villeta, y Zipaquirá.