Las especies pesqueras de mayor producción en el departamento son bocachico, bagre pintado, blanquillo, nicuro, comelon, mojarra lora y pacora, quienes anualmente producen aproximadamente 973 toneladas.
Del primero al 30 de mayo y del 15 de septiembre al 15 de octubre se establece en la zona la veda al bagre pintado.
Aproximadamente existen 126 pescadores carnetizados y capacitados por el ICA. En cuanto a la producción acuícola las principales especies son Trucha Arco iris, tilapia y cachama.