Las especies pesqueras de mayor producción en el departamento son tilapia plateada, tilapia roja, capaz, mojarra nativa, bocachico y caloche. Del primero al 30 de mayo y del 15 de septiembre al 15 de octubre se establece en la zona la veda al bagre.
Aproximadamente existen 549 pescadores carnetizados y capacitados por el ICA. En cuanto a la producción acuícola las principales especies son tilapia roja y plateada, yamu y cachama, bocachico, carpa y trucha.