Los años de 1990 a 1994 representaron un periodo de grandes cambios en la historia de la investigación agropecuaria del país, fue un período de transición hacia el nuevo modelo institucional, plasmado en el Decreto 2141 del 28 de diciembre de 1992 que llevó al ICA a una nueva reestructuración la cual condujo a la separación de las actividades de investigación y transferencia de tecnología de aquellas relacionadas con la sanidad animal, vegetal y el control de los insumos agropecuarios.
Por tal motivo y en desarrollo de las políticas de modernización del Estado y consecuente al Decreto 2141 el ICA entregó su responsabilidad de la mayor parte de la investigación y transferencia de tecnología a la creada Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria, CORPOICA. Esto implicó el traslado de proyectos, centros de investigación, maquinaria y equipos, presupuesto y un alto número de funcionarios.
En 1993, la Ley General de Desarrollo Agropecuario y Pesquero (Ley 101), en su Artículo 65 define que el Ica deberá desarrollar política y planes tendientes a la protección de la sanidad, la producción y la productividad agropecuaria del país. Por lo tanto, el Ica asumió la responsabilidad de ejercer acciones de sanidad agropecuaria y el control técnico de las importaciones, exportaciones, manufactura, comercialización y uso de insumos agropecuarios destinados a proteger la producción agropecuaria nacional y a minimizar los riesgos alimentarios y ambientales que provengan del empleo de los mismos y a facilitar el acceso de los productos nacionales al mercado internacional.
El ICA implemento un novedoso programa de automatización del proceso de emisión de registros de venta, importación, exportación y certificaciones que redujo considerablemente el tiempo empleado en trámites, con lo cual se dio un importante paso favoreciendo el comercio de los insumos agrícolas.
Acciones del ICA permitieron un notable mejoramiento en la calidad de los productos veterinarios comercializados en el país y cerró el camino para algunos insumos y alimentos balanceados de rumiantes como medida preventiva contra el posible riesgo de ingreso de enfermedades como la conocida “vacas locas”.
Al final de esta década, el ICA entregó las primeras certificaciones por Buenas Prácticas de Manufactura (BPM) a empresas de medicamentos, biológicos, antisépticos y desinfectantes de uso veterinario, como prenda de garantía hacia nuevos mercados nacionales e internacionales.
En el 2001, Colombia recibe de la Organización Mundial de Sanidad Animal, OIE, la certificación como Libre de Fiebre Aftosa con vacunación, de los departamentos de la costa Atlántica y Antioquia, zona que alberga más de 40% de la población bovina del país. Gracias al trabajo conjunto entre el ICA y los gremios ganaderos. Por tal motivo se crea una zona de protección con medidas especiales para la amplia área certificada.
ICA inaugura el Puesto de Cuarentena Pecuario, en su sede “San Jorge” en el municipio de Soacha Cundinamarca para reforzar sus labores de la primera barrera de defensa sanitaria.
En Colombia se reglamenta el uso, manejo y comercialización de productos transgénicos pecuarios, después de un concienzudo análisis y concertación entre el ICA, salud pública, entidades de investigación, universidades y gremios de la producción pecuaria nacional, entre otros.
El ICA modificó y ajustó su modelo institucional a uno futurista y acorde con el mundo actual, especialmente en lo referente a los aspectos de inocuidad, bioseguridad agroalimentaria, análisis de riesgos y asuntos internacionales. Esto fue dado mediante el Decreto 1454 del 19 de julio de 2001.
Con el fin de asegurar la protección sanitaria y la calidad de los insumos que el sector agropecuario requiere, el Instituto dio los primeros pasos para establecer instrumentos de participación del sector privado en la ejecución de algunas actividades de vigilancia y control, mediante la supervisión y auditoria hacia los laboratorios y organismos particulares que sean autorizados para el análisis y la inspección de los programas de control y erradicación, por ahora de la brucelosis bovina.