La estructura organizacional del Instituto Colombiano Agropecuario está debidamente organizada, de forma tal que le permite ejercer sus funciones en todos los ámbitos correspondientes a su misión en todo el territorio nacional.

Esta estructura se encuentra conformada por un Consejo Directivo, el cual preside el Ministro de Agricultura y Desarrolllo Rural, seguido del director del Departamento Nacional de Planeación, un representante del Consejo del Programa Nacional de Ciencia y Tecnología Agropecuaria, un representante de  la Presidencia de la República, el presidente de la Sociedad de Agricultores de Colombia, el presidente de la Federación Colombiana de Ganaderos y un representante de la Asociación Nacional de Usuarios Campesinos.
 

En orden jerárquico le sigue la Gerencia General, de la cual dependen cuatro Subgerencias, que desarrollan la actividad misional de la entidad. Estas son: Subgerencia de Protección y Regulación Pecuaria, Subgerencia de Protección y Regulación Agrícola, Subgerencia de Pesca y Acuicultura y Subgerencia Admnisitrativa y Financiera.

De la misma forma, la Gerencia cuenta con tres Oficinas Asesoras para temas Jurídicos, de Planeación y de Comunicaciones. Así mismo, una oficina de Control Interno.

El Instituto tiene presencia nacional mediante 27 seccionales, 128 oficinas locales y una red de laboratorios compuesta por 26 Centros de Diagnóstico Pecuario, 14 Agrícolas, un sistema de Laboratorio de Referencia y un Laboratorio de Bioseguridad Nivel 3A, que entra en funcionamiento en el 2008.

Para garantizar la calidad sanitaria por medio de su estructura cuarentenaria y de su sistema de prevención de riesgos, el Ica presta atención en siete aeropuertos, siete puertos y 6 pasos fronterizos, en donde realiza el control de las importaciones y exportaciones de productos agropecuarios.