Con la expedición de la Ley 1152 de 2007 y su Decreto Reglamentario 4904 del mismo año, el Ica asumió las funciones de administrar los recursos pesqueros del país, así como la investigación y ordenación de la pesca y la acuicultura en Colombia.
Para poder cumplir a cabalidad esta función, el Instituto creó la nueva Subgerencia de Pesca y Acuicultura, la cual está integrada por dos direcciones: Servicios al Ciudadano y Regulación de Pesca y Acuicultura y por dos direcciones regionales, Atlántico y Pacífico.
En lo que tiene que ver con la Dirección de Servicios al Ciudadano (registro, control y vigilancia), la Subgerencia se encarga de regular la actividad pesquera, otorgando los permisos respectivos para la comercialización y exportación de productos pesqueros así como para su aprovechamiento.
Por su parte, la Dirección de Regulación de Pesca y Acuicultura tiene como funciones principales realizar las investigaciones, estudios técnicos y la puesta en marcha de planes de ordenación pesquera regionalizados, definiendo los recursos susceptibles de aprovechamiento sostenible.
Las Oficinas Regionales de la Costa Atlántica y Pacífico, con sede en Santa Marta y Buenaventura, respectivamente, tienen por funcion la verificación en campo del cumplimiento de la normatividad expedida por el Ica en materia de Pesca y Acuicultura, así como recibir y atender las consultas de los ciudadanos relacionadas con esta actividad. Además, es la encargada de apoyar en la región los procesos de las direcciones de Servicios al Ciudadano y Regulación de Pesca y Acuicultura.